Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, 1992 yılında 3837 sayılı Kanun ile Mühendislik Fakültesi adıyla kurulmuş ve 1993–1994 eğitim-öğretim yılında öğrenci kabul ederek eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 04.08.2023 tarihli ve 32269 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 7477 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile fakültenin adı Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi olarak değiştirilmiştir.
Bu tarihten önce sekiz bölüm ile yalnızca mühendislik alanında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdüren fakültemiz, isim değişikliği sonrasında bölüm sayısını on ikiye çıkarmış ve temel bilimler alanlarında da eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.
2025 yılı sonu itibarıyla, fakültemizde on iki bölümde eğitim-öğretim, araştırma-geliştirme ve toplumsal katkı faaliyetleri yürütülmektedir. Bölümlerimiz alfabetik sırayla aşağıda sunulmuştur:
Fakültemizin Makine Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği ve Gıda Mühendisliği Bölümleri, 32 yıldır eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Endüstri Mühendisliği ile Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümlerinde 2009–2010 eğitim-öğretim yarıyılında, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümünde ise 2011–2012 eğitim-öğretim yarıyılında eğitim-öğretime başlanmıştır. Bunu takiben, Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde 2012–2013, Biyomühendislik Bölümünde ise 2013–2014 eğitim-öğretim yarıyılında eğitim-öğretim faaliyetleri başlatılmıştır.
Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik Bölümleri ise 2023–2024 eğitim-öğretim yılından itibaren, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi çatısı altında eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.
Fakültemizde mevcut bölümlere ek olarak, 17.04.2024 tarihli YÖK Yönetim Kurulu Kararı ile Veri Bilimi ve Analitiği ile Yapay Zekâ ve Makine Öğrenmesi Bölümlerinin açılması uygun görülmüş; ancak söz konusu bölümler 2025 yılı itibarıyla Bilgisayar ve Bilişim Fakültesi bünyesine alınmıştır.
2014 yılında, Makine, İnşaat, Metalurji ve Malzeme, Elektrik-Elektronik ve Endüstri Mühendisliği Bölümlerinde %30 İngilizce öğretime; Bilgisayar Mühendisliği ve Biyomühendislik Bölümlerinde ise %100 İngilizce öğretime geçilmiş olup, bu uygulamalar halen devam etmektedir. Diğer bölümlerimizde ise eğitim-öğretim faaliyetleri Türkçe olarak yürütülmektedir.
Fakültemizin Biyomühendislik ve Bilgisayar Mühendisliği Bölümleri, MÜDEK tarafından 30 Eylül 2028 tarihine kadar; Gıda, Elektrik-Elektronik ve İnşaat Mühendisliği Bölümleri ise 30 Eylül 2026 tarihine kadar akredite edilmiştir. Kimya Bölümü ise FEDEK tarafından 30 Eylül 2030 tarihine kadar akredite edilmiştir.